USBHDDは、丸ごと暗号化がおすすめ

データを保存する時、自動的に暗号化されて、はずせば、
デバイス全体が暗号化されるといえば、TrueCryptを使いましょう。
さらにフォーマットの危険性があるなら、Mirage Colloidを使うとよいです。

詳しくは、以下を参照。
偽装・暗号化で秘密のファイルを守り抜け！ ファイルの隠し方 / デジタルARENA